福建省食品药品监督管理局的主要职责：
(一)贯彻执行国家和省有关食品(含酒类、食品添加剂、保健食品，下同)安全、药品(含中药、民族药，下同)、医疗器械、化妆品监督管理的方针政策和法律法规，参与起草有关地方性法规、规章草案。推动建立落实食品安全企业主体责任机制，配合有关部门落实地方人民政府负总责机制，建立食品药品重大信息直报制度并组织实施和监督检查，着力防范区域性、系统性食品药品安全风险。
(二)负责食品的行政许可和监督管理，负责制定食品安全隐患排查治理机制、食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案并组织实施。建立食品安全信息统一公布制度，公布重大食品安全信息。参与制定食品安全风险监测计划、食品安全标准，根据食品安全风险监测计划开展安全风险监测工作。
(三)监督实施国家药品、医疗器械、化妆品标准和分类管理制度。负责对药品、医疗器械、化妆品的行政许可和监督管理，组织实施相关质量管理规范。负责药品、医疗器械注册并监督检查。建立药品不良反应、医疗器械不良事件监测体系并开展监测和处置工作。组织实施执业药师资格准入制度，指导监督执业药师注册工作。参与制定基本药物目录，配合有关部门实施国家基本药物制度。
(四)组织实施食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度，组织查处重大违法行为，监督实施问题产品的召回和处置制度。
(五)负责食品药品安全事故应急体系建设，组织实施食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，监督事故查处落实情况。指导督促药品生产经营企业安全生产工作。
(六)负责制定食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。
(七)负责开展食品药品安全宣传、教育培训、国际交流与合作。推进诚信体系建设。
(八)指导市、县食品药品监督管理工作，规范行政执法行为，完善行政执法与刑事司法衔接机制。
(九)承办省人民政府、国家食品药品监督管理总局以及省食品安全委员会交办的其他事项。
