南京工程高等职业学校始建于1956年，2002年由江苏省地质矿产厅划归江苏省教育厅管辖。次年，由普通中等职业学校升格为全日制高等职业学校，同时增挂江苏联合职业技术学院南京工程分院，是南京地区唯一一所隶属于江苏省教育厅的公办的五年一贯制高等职业学校。

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学校党政领导班子坚持以改革促发展，树立了“坚持一个中心，抓好两支队伍，强化三个规范，落实四个地位，做到五个满意”的办学理念。并将其贯穿到当前的专业水平评估之中。